Héritier d'une des plus grandes familles de l'époque SENGOKU JIDAI, il naît en 1519, dernier enfant d'une famille de trois fils. Son frère aîné, UJITERU, disparaissant en 1536, YOSHIMOTO abandonne sa vie de monastère pour contester les droits de son autre frère à prendre la direction du clan familial. Il prend ainsi le pouvoir à 17 ans sur les provinces de SUGURA ET TOTOMI.

Rapidement, il conteste les frontières qu'il partage avec le clan voisin des MATSUDAIRA. Au prix de plusieurs guerres, il place ceux-ci sous sa coupe, et prend comme otage le jeune MATSUDAIRA Takechiyo (le futur TOKUGAWA Ieysau). Ses relations sont également difficiles avec ses autres voisins. Il s'en prend, ainsi, successivement aux clans ODA, HOJO et TAKEDA, au cours de plusieurs batailles.

En 1554, il arrive néanmoins à bâtir une paix simultanée avec ses voisins du nord (le clan TAKEDA) et de l'est (le clan Hôjô). Son rêve de conquérir la capitale du Japon, Kyôto, semble enfin à sa portée. Il ne lui reste, en effet, qu'à traverser le petit domaine du clan ODA. Mais le jeune ODA Nobunaga, pourtant bien moins puissant, l'attaque par surprise et le tue dans son campement de campagne à OKEHAZAMA. Après cette défaite, le clan disparaît quelques années plus tard.